とある秋の日、キャンプに出かけて行ったすみっコたち。空を見上げると、いつもより大きく青く輝く月が。 　　「５年に１度おとずれる、青い大満月の夜。 　　魔法使いたちが町にやってきて、夢を叶えてくれる」 　　伝説のとおり、すみっコたちの町に魔法使いの5人きょうだいが舞い下りてきた！ 　　公園、スーパーマーケット、森の中。 　　次々と魔法がかけられ、キラキラに彩られた町はまるでパーティー会場のよう。 　　やがて楽しい夜に終わりが近づき、月へ帰っていく魔法使いたち。 　　そこにはなぜか…たぴおかの姿が!?すえっコの“ふぁいぶ”と間違えて連れていかれてしまって…人生就是不断的放下，但最遗憾的是，我们来不及好好告别！

小智（松本梨香 配音）一行人继续着磨练技艺的旅途，他们来到了欧鲁德朗城，这里正在举行为了纪念百年前阻止了战争的勇者亚朗而设置的对战祭典。小智带着皮卡丘（大谷育江 配音）勇敢参战，并且最终凭借着强大的实力夺得了头筹，获得了珍贵的宝物“勇者之杖”。 　　然而，让小智没有想到的是 ，传说中的神奇宝贝路卡利欧竟然从杖中现身，它的重现江湖揭开了一个隐藏了百年的秘密。与此同时，神秘莫测的神奇宝贝梦幻现身会场，掳走了皮卡丘和喵喵。为了找回皮卡丘，小智和贝路卡利欧踏上了旅途，他们的终点是世界初始之树，在那里隐藏着一切问题的答案人生就像一盒巧克力，你永远不知道下一颗是什么味道。

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本片改编自同名漫画，讲述了父亲被神秘的组织杀死的照朝，为了将99把“恶魔之钥”全部破坏，以父亲留下的话为线索继续着收集钥匙的旅程。赌上了伙伴们全员的性命，超极限的死亡游戏！与恶魔拼上性命的最终决战开始了我们一路奋战，不是为了能改变世界，而是为了不让世界改变我们。